Program transmigrasi di Indonesia di hadapkan pada tantangan penerapan asas desentralisasi dan otonomi. Desentralisasi telah menjadi sumber dari tekanan domestik untuk memperbaharui program transmigrasi. Penerapan otonomi daerah selain menyebabkan pergeseran kewenangan pada proses penyelenggaraan transmigrasi, juga mengharuskan pelaksanaan transmigrasi disesuaikan dengan karakteristik dan kondisi daerah. Usaha semacam ini dimaksudkan untuk mengembangkan dan meningkatkan saling ketergantungan dan interaksi antara sistem ekonomi, manusia atau masyarakat, dan lingkungan hidup beserta sumber daya alam yang ada di dalamnya. Sasaran utama dari pembangunan transmigrasi, yaitu membangun desa desa baru melalui pembangunan unit-unit pemukiman transmigrasi yang terintegrasi dalam satu kawasan pengembangan, mendorong pertumbuhan desa-desa yang kurang berkembang melalui pertambahan penduduk dan pembangunan prasarana yang disebut “transmigrasi swakarsa pengembangan desa potensial”. Berdasarkan poin-poin tersebut pembangunan desa-desa transmigrasi di luar Pulau Jawa berperan dalam pengembangan sumber daya manusia dan pengembangan sumber daya alam yang sangat besar jumlahnya.
Pada tahun 2024, program transmigrasi di wilayah Mahalona, Kecamatan Towuti, Kabupaten Luwu Timur, Sulawesi Selatan, mengalami perkembangan signifikan. Mahalona menjadi tujuan utama bagi transmigran, terutama Pulau Jawa, karena berbagai fasilitas dan kemudahan yang telah disiapkan oleh pemerintah. Fasilitas tersebut meliputi akses jalan, jaringan listrik PLN, jaringan telepon seluler, sarana air bersih, serta fasilitas pendidikan mulai dari TK hingga SMA. Pada tanggal 25 September 2024, tim peninjau melakukan kunjungan ke lokasi transmigrasi Mahalona untuk memastikan kesiapan infrastruktur dan fasilitas yang akan digunakan oleh para transmigran. Selain itu, Dinas Sosial Tenaga Kerja dan Transmigrasi Kota Yogyakarta memberangkatkan dua keluarga calon transmigrasi ke Mahalona. Sejak tahun 2007 hingga 2023, jumlah penempatan warga transmigrasi di Mahalona Raya mencapai 1.435 kepala keluarga (KK).Sebelum keberangkatan, mereka menjalani serangkaian seleksi administrasi dan kesehatan untuk memastikan kesiapan mereka dalam menghadapi tantangan di lokasi transmigrasi yang baru.
Program transmigrasi ini secara umum diharapkan dapat menjadi motor penggerak pertumbuhan ekonomi di wilayah transmigrasi dan daerah hinterland-nya, serta secara khusus dapat meningkatkan kesejahteraan transmigran dan masyarakat sekitar lokasi transmigrasi melalui pemerataan pembangunan dan peningkatan perekonomian di daerah tujuan.